資料來源：行政院農業委員會農田水利入口網站
臺灣的「農田水利事業」，始於十七世紀，迄今約有三百餘年歷史。「農田水利事業」亦稱為農田灌溉排水事業，兼備生產、生活及生態等三生功能，為維繫農業永續經營所必需的事業。
臺灣灌溉事業發展初期，相關設施多由民間私人出資築埤開圳，水利視同私產，與土地一樣可以自由買賣，但因缺乏強而有效的管理，引發諸多的用水糾紛，導致水資源無法有效的運用。為了提升管理品質，於是有農田水利組織的產生。日本治臺時期，推行埤圳公共化政策，將有關公共利害的水利設施賦予法人資格，稱為「公共埤圳」；後來，有官方出資興建的「官設埤圳」，其後，更頒布水利組合令，將「公共埤圳」與「官設埤圳」合併為「水利組合」，水利事業日益發達，其組織與管理規模也日益擴大與完備。
一、元明清時期
（一）臺灣先民時期（1622年前）
此一時期為臺灣灌溉事業發展的起源，由於當時移居臺灣的人口不多，水稻的栽培僅需以簡易的方法導引河寬水淺的細流來灌溉即可，故此時尚無農田水利組織與灌溉管理制度。
（二）荷蘭治臺時期（西元1622～1661年）
1624年（明天啟4年），荷蘭人入據臺灣，由於原住民不擅長耕種，乃大量招募漢人；以安平海地域區而言，荷蘭移民僅六百人，守軍二千人，而漢人即多達二萬五千至三萬戶，故大多沿用中國已有的耕作及灌溉方式。惟，荷蘭人善於治水，其治水方法亦隨之引進。
在土地經營，耕地的大小係以「甲」為計算標準，沿用迄今，並採用王田制度。王田制度沿襲自歐洲十六世紀封建制度，土地屬於王有，土地支配權屬於諸侯，故稱為「王田」；而水利工程，如陂、塘、堤、圳條等的費率，皆由荷蘭人資助，耕農、農具、耔種也是如此。
據歷史記載，1656年（明永曆10年），有關農業用地的開發－稻田面積達約5,930公頃（14,661英畝），蔗田面積有1,672公頃，其他田地共計約4,550公頃。荷人於此時鼓勵農民種蔗製糖外銷，由於蔗作需水量較少，水資源開發利用的需求較無迫切性，故尚無正式的農田水利制度或組織。
（三）明鄭治臺時期（西元1662～1682年）
明末鄭成功驅逐荷蘭人之後，為了準備長期對抗清廷，在農業建設方面，規定無論士庶皆應投入屯田生產，當時的土地開墾分為「官田」、「私田」及軍隊管轄的「營盤田」，全臺的稻田面積約18,454甲（大約相當於17,900公頃）。水利事業在各屯田區自成一個灌溉經營區，農業與灌溉的營運雖尚無正式名稱，但已形成分層管理的結構，類似於現行水利小組的雛型。水租的繳納則以每甲為單位，約六石稻米或時幣十元。
自此水源的經營開始有軍政界的介入。
（四）清朝治臺時期（1683～1895年）
1683年（清康熙22年），臺灣歸清朝統治，當時以海防為要務，無專事水利的官職，然而此一時期移居臺灣的人民日增，亟需糧食，農業發展快速，水資源需求亦日趨殷切，用水糾紛則層出不窮。清廷為此，乃努力提倡及保護水利的開發，水權觀念與農田水利管理制度因應而生；農田水利事業亦因工程規模擴大，水利組織也逐步成形。
清廷為了保護既有農業基礎與灌溉設施、排除用水糾紛，訂有監督水利的規定，是為灌溉管理的始源。當時，官方對於灌溉管理事業的監督，係以「諭告」或「命令」為之，如調解或裁定用水分配、徵用圳路土地，核准或禁止興建、繳納水租、水路維護及取締侵害行為等等，均可隨時「諭告」週知。此外，官方為保障水利埤池的經營，也會發出「諭告」，裁定各埤池應得的「水分」（相當於今日的「水權」），並會發給埤主「埤照」、「圳照」（相當於今日的「水權狀」）及「戳記」（相當於今日的「水利會印信」）。
此外，官方向埤主徵收規費，埤主可與灌溉土地所有權人訂定契約，寫明應繳納水租（以稻穀繳納）若干。在灌溉管理方面，灌溉地的耕作人，於農閒期須共同出工修補圳路，確保圳路的通水功能，若埤主對埤圳修繕管理怠慢而致埤圳不堪使用時，埤主即喪失其權利，准由他人替代經營。在此時期，灌溉事業多由民間自行興建，私人獨立或共同合股投資設施。灌溉面積較大者，在現地設有「水館」，負責埤圳的維護、用水的調節及水租的徵收等工作；埤圳設有「圳頭」或「公鋤」，管理用水及修補圳路。據歷史記載，1895年時，臺灣地區的農田約有35萬公頃，其中約有20萬公頃已獲灌溉。
二、日本治臺時代
日本佔據臺灣以前，臺灣農田水利事業，一向為民間私產，且無統一管理的機構；日本據臺時期，為了便於實行殖民政策，1901年（日明治34年），臺灣總督府頒布「公共埤圳規則」，指定足以影響公共利害的私人水利設施為公共埤圳，賦予法人資格，並由政府監督改善養護管理。至1908年（日明治41年）頒布「官設埤圳規則」，將水利工程改為由官方投資興建或改善，是為官設埤圳。1910年（日明治43年），隨著水利組合令的頒布，將所有公共埤圳與官設埤圳合併改編為水利組合，並訂有組合規約與施行細則。水利組合事務被認定為國家的公共事務，賦予組合對組合成員有強制參加、強制賦課與徵用土地勞役等公權力，組合下並設有諮詢評議會，而政府也對組合有高度的監督權。至二戰結束前，除水利組合更為擴大合併外，還有若干水害預防組合單位。
（一）公共埤圳時期（西元1896～1908年）
日人因埤圳在私人的經營下不易維護，且為了配合帝國殖民主義政策，普查臺灣大小埤圳，並登錄於埤圳登記簿（詳載：水源、經過地方、終點、新設或變更改線年月、投資方式、埤圳尺度、受益地名、受益面積大小、權利關係等），列入管理，並規定公共埤圳的利害關係人，得經行政機關認可後組織「組合」，「埤圳組合」為「法人」，以管理人為對外代表人。同時，凡與公共利害相關的灌溉設施，均指定為公共埤圳，由政府監督管理；至此，組織型態日益完備，是為農田水利具有法定管理機關的開端，也為水利事業的奠基期。此一時期的農田水利事業係以修改舊圳、減少水利損失為事業重心。
（二）官設埤圳時期（1909～1921年）
埤圳係由政府籌款興辦，舉凡地方人民不勝負擔的大規模工程，皆由官方經營，並考慮水力發電。此一時期，日本政府公布「官設埤圳規則」及「官設埤圳水利組合規則」，水利事業組織的管理與組織型態均較公共埤圳時期更為嚴謹完備。
「官設埤圳規則」規範埤圳用地的徵收及補償辦法，並規定水租的徵收適用國稅徵收規則。所有利用官設埤圳水利的土地所有人，得由佃戶負擔全部或一部分的水租。如土地屬國有者，則由佃戶全額負擔。違反「官設埤圳規則」者，得按情節不同，處以拘役、罰金或徒刑等罰則。
臺灣總督府為舉辦官設埤圳水利與維持官設埤圳，於每一官設埤圳區域設有水利組合，但在管理上，須經水利組合主管官廳許可或依其命令，水利組合本身的權力微薄。此外，屬於私人經營的埤圳可自由經營，視之為指定以外的埤圳；但需官方准許者，則比照公共埤圳辦理。
（三）水利組合時期（1922～1945年）
此一時期，水利組織多方發展各項水利事業，不但大量興建灌溉排水工程，也從事農地重劃、道路防風林設置、鹽分地及砂礫地改良等配套工作。日本政府並頒布「臺灣水利組合令」、「水利組合施行細則」、「水利組合規約準則」及「農業水利調整令」強化水利組織的營運管理，並依法確立水利組織的「法人」性格，奠定農田水利基層組織的礎石。1921年（日大正10年），日人為控制農村經濟，以實行其壓榨的目的，乃頒行「臺灣水利組合令」，明定「組合長」由政府任命，可由非組合員擔任，任期4年，並規定組合內部的職員為官吏，並進一步廢止「公共埤圳及官設埤圳規則」，續頒「水利組合令施行細則」及「水利組合規約準則」，將原由農民自主的農田水利管理權，移轉至日本政府手中，成為統一性的水利組合，為水利管理上的一大轉變。嗣後10年間，將原有的「公共埤圳」及「官設埤圳」改組成為108個「水利組合」，且規定其為「法人」，任務為管理養護灌排工程、徵收會費、處理財務，1941年（日昭和16年），公布「農田水利調整令」，將108個水利組合合併成47個水利組合；1944年（日昭和19年），再進一步合併成38個水利組合，其目的在於充分利用水源及節約用水。此時，日本政府對於水利事業的範圍與區域逐漸擴大，而對於民間水利事業，則更加嚴密管理與專制。
三、二戰之後
臺灣的灌溉事業，於二戰之後四十餘年間的成就為最大，在農業發展及農村生活改善上，貢獻卓著。
（一）農田水利協會（1946～1947年）
經過第二次世界大戰的破壞，臺灣的灌溉埤圳，幾乎沒有一條是完整良好的；此一時期的農田水利工作主要著重於受損埤圳的修復，以恢復稻作生產。1946年（日昭和21年），政府將38個「水利組合」改組為39個屬於人民團體的「農田水利協會」，並將15個「水害預防組合」更名為「防汛協會」。此外，將農田水利組織的屬性調整為「人民團體」，「農田水利協會」的會長改由農民選舉，職員亦由協會會長自行遴用。
（二）水利委員會（1948～1955年）
農田水利協會成立未久，1948年（日昭和23年），即合併「農田水利協會」與「防汛協會」，改組成為40個「水利委員會」，仍屬人民團體，任務仍為各地農田的灌溉排水及水害防治。「水利委員會」的委員分別由「選舉」及「聘任」產生，「選舉委員」係由會員互選產生，地主與佃農各半；「聘任委員」則由政府就相關縣市建設局長、鄉鎮長、水利專家及地方熱心人士聘任，委員互選主任委員一人，任期四年。監督單位分二級，依灌區規模由縣市政府及水利局監督。惟，未經立法程序明定權責，非官非民的運作方式，當有涉及人民權利與義務時，常發生困難。1955年（民國44年），官方核准「臺灣省各地水利委員會改進辦法」及「臺灣省各地農田水利會組織規程」，以彌補原有體制的缺失。
（三）農田水利會（1956迄今）
１．確立農田水利會組織時期（1956～1964年）
1956年（民國45年），40個「水利委員會」合併改組成為26個「農田水利會」，並於水利法中明訂農田水利會為具「公法人」地位的「水利自治團體」，並頒訂「臺灣省農田水利會組織規程」，同時實施區域調整，健全組織體制，強化基層組織，建立財務制度及明定監督輔導責任。農田水利會的設立係根據地理環境及經濟利益而定，冠以所在地區或其水系埤圳的名稱。此時，臺灣的農田水利組織正式進入「農田水利會」階段。
２．農田水利孕育工業時期（1965～1971年）
1965年（民國54年），頒布「農田水利會組織通則」作為農田水利會的組織、營運管理及監督輔導依據，自此農田水利團體的組織與營運，依法有據，依章行事。此時，以「由農業培養工業，以工業發展農業」為口號，積極興辦水利建設，灌溉面積自1945年（民國34年）的561,999公頃到1968年（民國57年）的550,660公頃。之後，隨著經濟發展政策轉為「工業與農業並重」，農田灌溉面積稍減，業務也著重於灌排設施的改進、養護及管理。另，1967年（民國56年）配合臺北市改制為院轄市，乃將其轄區內瑠公、七星二農田水利會劃歸臺北市，臺灣省所轄區域減為24會，其後於1969～1970年（民國58～59年）間，新港及新海二農田水利會因業務減少，再予分別併入臺東、桃園二會，臺灣省所轄農田水利會再調整為22個。
３．健全農田水利會時期（1972～1982年）
1972年（民國61年），政府為因應社會經濟結構轉變，促進農業發展，於同年9月27日宣布「加速農村建設重要措施」，並於1975年（民國64年）1月1日實施「臺灣省加速農村建設時期健全農田水利會實施要點」。健全農田水利會實施期間，為了有效運用水資源，以水系為主，並兼顧營運便利，將22個水利會，調整為14個單位，其中包括將原新竹、竹南、苗栗合併為一農田水利會。惟，1981年（民國70年）間，因原新竹、苗栗（包括竹南區）農田水利會分屬新竹、苗栗兩縣行政區域，水系與會費負擔不同，並各有其獨立完整的灌溉系統，在新竹、苗栗二區農民陳情建議恢復設立新竹、苗栗（包括竹南區）二農田水利會後，經報請行政院核定，將新苗農田水利會劃分為新竹、苗栗農田水利會。自此，全臺農田水利會確定為17個（臺灣省15個、臺北市2個）。
４．改進農田水利會時期（1983～1992年）
健全農田水利會實施期間，農田水利會雖因調整事業區域、制定灌溉管理制度、精簡人事編制及補助工程更新改善經費，使其得以有效提升營運成效；惟，農田水利會會費因配合政府減輕農民負擔政策未能適度合理調整，加上政府對灌溉排水工程的補助款與實際需求相距甚遠，此等情形若無法改善，長久下來將影響水利會的灌溉服務水準，並導致水利會無法正常營運。1983年（民國72年），行政院經濟建設委員會建議臺灣省政府研究就臺灣省農田水利會灌溉、排水工程補助政策詳加檢討，並研擬具體財務改善計畫。1984年（民國73年）4月間，臺灣省政府於研究後擬定「政府負擔農田水利會灌溉、排水工程補助之檢討及水利會財務改善計畫」，經行政院經建會第269次委員會議討論，認為水利會係臺灣農村的重要生產組織，水利會協助推動政府農田水利建設，若因此導致其財務及經營困難，應協助其改善，故建議行政院農委會會同經濟部及臺灣省政府對農田水利會的改進問題於一年內通盤研究。
另一方面，因有部分中央及省及民意代表建議，將農田水利會改為政府機構或由政府接管。1990年（民國79年）底，行政院於邀集各有關單位研商後裁定，農田水利會仍應維持公法人體制，並指示針對農田水利會的組織體制及各項缺失予以改進，決定廢除會長選舉、改進會員代表大會結構及政府對農田水利會的補助，期使農田水利會成為真正辦理農田灌溉排水的專業機構。農委會於行政院核示農田水利會維持公法人的改進方案原則下，參考各方意見，研擬「農田水利會組織通則」於1991年（民國80年）送立法院審議。
５．政府遴派農田水利會時期（1993～2000年）
1993年（民國82年），經立法院審議後，針對農田水利會的定位，認為農田水利會的組織型態與運作方式，應做一重大變革，以徹底改變其體制，即改制為公務機關，方能防杜弊端、健全營運管理及服務品質，進而造福農民。即限定「農田水利會組織通則」自修正公佈施行日起適用三年，且行政院應於三年內將農田水利會改制為公務機關，並規定農田水利會會費由政府全額補助。
臺灣省政府為依「農田水利會組織通則」規定，於原選任會長及會員代表任期屆滿，即1994年（民國83年）5月底前，完成第一屆遴派會長及會務委員工作。在會務委員方面，總計登記882人，遴派名額為315名。在會長方面，計有55人登記，經召開遴選小組會議審查其資格，評比各項表現，依據預定計畫於1994年（民國83年）5月20日完成並發布派令，於6月1日辦理布達與交接。
「農田水利會改制條例」經研擬完成，並送行政院之際，因立法院於1995年（民國84年）7月30日執政黨立法院黨政協調工作會，舉行農田水利會改制為公務機關得失檢討會，獲致結論認為農田水利會仍應維持自治的人民團體體制，如將農田水利會改制為公務機關，則不尊重歷史法源及水利會的自治體制，影響全國一百萬會員及三千多農田水利會會員工的權益甚鉅，建議修正「農田水利會組織通則」第39條之1為：「行政院應於本條修正公布日起二年內依據農田水利會自治原則，修正本通則有關條文，送立法院審議」。
農田水利會改制為公務機關之議，自此結束。
６．農田水利會回歸自治時期（2001年至今）
2001年（民國90年）6月20日，再度修正「農田水利會組織通則」相關條文，規定農田水利會設會務委員會，會務委員由全體委員會分區選舉產生，連選得連任，並規定農田水利會會長的參選資格，應年滿30歲且具會員身分，由會員直接投票選舉產生，農田水利會遂邁入另一個民主自治的新時代。
農田水利會的任務，多配合著時代政策的變動而有所調整，現今農業產值比重降低，農田水利事業逐漸萎縮，此階段改進農田水利會的營運，配合「農田水利會組織通則」的修正，明定農田水利會的任務為：
- 農田水利事業之興辦、改善、保養及管理事項。
- 農田水利事業災害之預防及搶救事項。
- 農田水利事業經費之籌措及基金設立事項。
- 農田水利事業效益之研究及發展事項。
- 農田水利事業配合政府推行土地、農業、工業政策及農村建設事項。
- 主管機關依法交辦事項。