本基金會係由財團法人亞洲農業技術服務中心（簡稱亞農中心）於民國八十四（1995）年八月十一日變更改組成立（並於同年十月變更法人登記）。

亞農中心創始於民國五十七（1968）年，當年亞洲商工總會在韓國漢城召開第二屆年會，各會員國代表有鑒於台灣農業進步，一致要求成立一亞洲農業組織，提供農業技術，分享各會員國，並決議由我國主辦，當時中國農村復興聯合委員會委員蔣彥士先生及亞洲商工總會理事長辜振甫先生乃著手籌備，於民國五十九（1970）年正式成立，並於民國七十（1981）年完成財團法人登記在案。

為促進海峽兩岸農業交流 ， 民國七十七（1988）年十一月亞農中心首次與大陸 「中國農業交流協會」及「香港大學嘉道理農業研究所」在香港舉行「海峽兩岸及香港農業技術研討會」。民國七十九（1990）年經行政院大陸工作會報同意兩岸農業交流工作，由亞農中心負責推動，開創兩岸農業交流之新紀元。

由於技術合作計畫及交流活動項目逐年增多，民國八十四（1995）年八月改組亞農中心，正式成立本基金會，並於同年十月六日完成財團法人登記手續。